Journal of Babol University of Medical Sciences

fa آنالیز نواحی تکراری چند ناحیه ای (MLVA) به منظور تیپ بندی سویه های سودوموناس آئروژینوزای عامل عفونت ادراری Multiple Locus Variable Number Tandem Repeat Analysis (MLVA) for Typing Pseudomonas Aeruginosa Isolated from Urine Samples of Different Patients پاتولوژی Pathology تحقیقی Research سابقه و هدف: سودوموناس آئروژینوزا یکی از شایع ترین عوامل عفونتهای ادراری در بیمارستانها می باشد. هدف از این مطالعه تعیین تیپ تعدادی از جدایه های بدست آمده از بیماران به روش MLVA به منظور رسیدن به یک الگوی ژنتیکی مشخص برای دسته بندی آنها میباشد. مواد و روش ها: در این مطالعه 70 سویه سودموناس آئروژینوزا از نمونه ادراری بیماران در بیمارستان های تهران جمع آوری شد. برای بررسی ژنوتیپی بر اساس روش MLVA، ابتدا از نمونه ها استخراجDNA ژنومی انجام شد. سپس توالی های تکراری پشت سرهم (VNTR) موجود در ژنوم باکتری ها که درون نواحی ژنی MS-213، MS-214، MS-215، MS-217، MS-222، MS-223، MS-142 و MS-173 قرار داشتند، توسط پرایمرهای اختصاصی به روش PCR تکثیر شدند. پس از اطمینان از تکثیر ژنهای مورد نظر با استفاده از ژل الکتروفورز، ارتباط تکاملی و تیپ بندی آنها با روش MLVA بررسی شد. یافته ها: بعد از الکتروفورز محصول PCR و تعیین تعداد VNTRها، 70 سویه بدست آمده در 39 تیپ دسته بندی شده و نمودار درخت تکاملی ژنی رسم گردید. بر اساس الگوی MST، 70 سویه بالینی به 11 کمپلکس کلونال (clonal complex) تقسیم شدند که این معیار نشان دهنده فاصله ژنتیکی بر اساس اختلاف در تعداد VNTR در هر یک از گروه ها بود. نتیجه گیری: مطالعه حاضر نشان داد که MLVA یک روش موثر برای تیپ بندی سویه های بالینی سودوموناس آئروژینوزا می باشد. نتایج بدست آمده نشان دهنده پتانسیل بالای این روش در تمایز بین سویه هایی که از نظر فنوتیپی بسیار شبیه به یکدیگر بود، می باشد. BACKGROUND AND OBJECTIVE: Pseudomonas aeruginosa is considered as one of the important causes of urinary infections in hospitals. The aim of the current study is the genetic typing for the number of bacterial strains isolated from patients using MLVA technique. METHODS: In this study, 70 isolates were collected from different hospitals located in Tehran city. First, DNA extraction was conducted for genotyping analysis by MLVA method. Subsequently, VNTR sequences located in several genes of bacterial genomes such as MS-214, MS-215, MS-217, MS-222, MS-223, MS-142 and MS-173 were amplified by specific primers using PCR technique. After confirming the PCR amplification using electrophoresis and visualization of their bonds on agarose gel, relationship evolutionary graph for the different strains was constructed based on MLVA technique. FINDINGS: After the electrophoresis and determination of VNTR copy-numbers, 70 strains were classified as 36 types. The genetic evolutionary tree was also constructed based on VNTRs Data. According to the results, PCR products of 70 strains visualized by electrophoresis are divided to 39 types based on VNTR analysis. Evolution tree and MSR algorithm was also constructed for all 70 clinical isolates. According to the MST algorithm, 70 clinical strains divided into 11 clonal complexes which these criteria is interpreted as genetic distance based on the difference of VNTR copy numbers for each group CONCLUSION: The present study showed that MLVA could be helpful for typing clinical strains of P. aeruginosa. The results also showed that this method had great potential to differentiate those strains with high phenotypic similarity. سودوموناس آئروژینوزا, تیپ بندی ژنتیکی, عفونت ادراری, VNTR, آنالیز نواحی تکراری چند ناحیه ای (MLVA) Pseudomonas Aeruginosa, Genotyping, Urinary infection, MLVA, VNTR 56 63 http://jbums.org/browse.php?a_code=A-10-3385-1&slc_lang=fa&sid=1 HE Lashgarian حامد اسمعیل لشگریان hamedesmaiili@gmail.com 100319475328460032931 100319475328460032931 No 1. Hepatitis Research Center, Lorestan University of Medical Sciences, Khorramabad, I.R.Iran. 1- مرکز تحقیقات هپاتیت، دانشگاه علوم پزشکی لرستان، خرم آباد، ایران A Marzban عبدالرزاق مرزبان marzban86@gmail.com 100319475328460032932 100319475328460032932 No 2. Razi Herbal Medicines Research Center, Lorestan University of Medical Sciences, Khorramabad, I.R.Iran. 2- مرکز تحقیقات داروهای گیاهی رازی، دانشگاه علوم پزشکی لرستان، خرم آباد، ایران M Estaji محمد استاجی hamedesmaiili@gmail.com 100319475328460032933 100319475328460032933 No 3. Molecular Medicine Department, Medical Institute, National Institute of Genetics and Biotechnology, Tehran, I.R.Iran. 3- گروه پزشکی مولکولی، پژوهشکده پزشکی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران M Gholami مریم غلامی hamedesmaiili@gmail.com 100319475328460032934 100319475328460032934 No 4. Department of Microbiology, Khorramabad Branch, Islamic Azad University, Khorramabad, I.R.Iran. 4- گروه میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد خرم آباد، خرم آباد، ایران H Masoumi asl حسین معصومی اصل jam@nigeb.ac.ir 100319475328460032935 100319475328460032935 No 5. Infectious Disease Research Center, Iran University of Medical Sciences, Tehran, I.R.Iran. 5- مرکز تحقیقات عفونی اطفال، دانشگاه علوم پزشکی ایران، تهران، ایران J Raheb جمشید راهب hamedesmaiili@gmail.com 100319475328460032936 100319475328460032936 Yes 3. Molecular Medicine Department, Medical Institute, National Institute of Genetics and Biotechnology, Tehran, I.R.Iran. 3- گروه پزشکی مولکولی، پژوهشکده پزشکی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران