fa ارزیابی روش ذوب DNA مبتنی بر Real-time PCR جهت تشخیص انتروکوک فکالیس و انتروکوک فاسیوم در ایزوله های بالینی میکروبیولوژی Microbiology تجربی Experimental <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><span style="font-family:times new roman;"><span style="color:#0000FF;"><strong>سابقه و هدف:</strong> </span>کندی و خطای انسانی در روش های معمول جهت تشخیص دوگونه <em>انتروکوک فکالیس</em> و <em>انتروکوک فاسیوم </em>که جزء مهمترین گونه های بیماریزا در انسان<br> می باشند، وجود روشهای دقیقتر را ضروری کرده است. هدف از این مطالعه طراحی روشی دقیق و سریع با استفاده از تکنیک ذوب <span dir="LTR">DNA</span> با روش <span dir="LTR">Real Time PCR</span> جهت شناسایی و تفکیک این دو گونه از یکدیگر در ایزوله های بالینی می باشد.</span></p> <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><span style="font-family:times new roman;"><span style="color:#0000FF;"><strong>مواد و روش‌ها:</strong></span> در این مطالعه تجربی از ایزوله های موجود در بانک باکتریایی گروه میکروب شناسی دانشگاه علوم پزشکی همدان استفاده شد. طراحی پرایمرها با استفاده از نرم افزارهای اختصاصی و انتخاب ژن های <em><span dir="LTR">divIVA</span></em> برای تشخیص <em>انتروکوک</em> <em>فکالیس</em> و<em><span dir="LTR">Alanine racemase</span></em> برای تشخیص <em>انتروکوک فاسیوم</em> انجام شد. تشخیص ایزوله ها، با بکارگیری روش <span dir="LTR">Real Time PCR</span> و معیار قراردادن دمای ذوب <span dir="LTR">DNA</span>، مورد ارزیابی قرار گرفت.&nbsp;</span></p> <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><span style="font-family:times new roman;"><span style="color:#0000FF;"><strong>یافته ها:</strong> </span>حساسیت پرایمرهای طراحی شده برای ژنهای <em><span dir="LTR">divIVA</span></em> (اختصاصی <em>انتروکوک</em> <em>فکالیس</em>) و <em><span dir="LTR">Alanine racemase</span></em> (اختصاصی <em>انتروکوک</em> <em>فاسیوم</em>) <span dir="LTR">CFU/ml</span> 15 باکتری بودند. اختصاصیت پرایمرهای طراحی شده با استفاده از آنالیز منحنی ذوب دمایی جهت شناسایی <em>انتروکوک</em> <em>فکالیس</em> 76/6 درجه سانتی گراد و جهت شناسایی <em>انتروکوک</em> <em>فاسیوم</em> 80/93 درجه سانتی گراد بود که در مقایسه با ارگانیسم های دیگر اختلاف قابل توجهی را نشان داد.</span></p> <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><span style="font-family:times new roman;"><span style="color:#0000FF;"><strong><span dir="RTL">نتیجه‌گیری: </span></strong></span><span dir="RTL">بر اساس این مطالعه، پرایمرهای طراحی شده دارای حساسیت و اختصاصیت مناسبی جهت تشخیص و افتراق گونه های انتروکوک فاسیوم و انتروکوک فکالیس بودند</span></span></p> <p style="text-align: justify;"><span style="font-family:times new roman;"><span style="color:#0000FF;"><strong>BACKGROUND</strong> <strong>AND</strong> <strong>OBJECTIVE</strong><strong>:</strong></span> Human error and timeless in conventional techniques to identify species<em> Enterococcus faecium</em> and <em>Enterococcus faecalis</em> are two species of the pathogenic species in humans, more accurate techniques is essential. The aim of this study is to design a method of quickly and accurately using DNA melting by Real Time PCR technique to identify and separate the two species in clinical isolates.</span></p> <p style="text-align: justify;"><span style="font-family:times new roman;"><span style="color:#0000FF;"><strong>METHODS:</strong></span> In this experimental study, the bacterial isolates in the Department of Microbiology Bank of Hamadan University of Medical Sciences was used. Design of primers was done by proprietary software and selecting <em>DivIVA</em> gene for <em>Enterococcus faecalis</em> and <em>alanine racemase </em>for<em> Enterococcus faecium</em> was performed. Isolates identification was evaluated by using Real Time PCR test and melting curve temperature of DNA.</span></p> <p style="text-align: justify;"><span style="font-family:times new roman;"><span style="color:#0000FF;"><strong>FINDINGS:</strong></span> Susceptibility of primers designed in <em>divIVA</em> gene (specific for <em>E. faecalis</em>) and alanine<em>-racemase</em> gene (specific for <em>E</em>.<em> faecium</em>) was 15CFU/ml per reaction. Specificity of designed primers by using DNA melting curve analysis was 76.6 for <em>E. faecalis</em> and 80.93 for <em>E</em>.<em> faecium</em> which showed considerable different in comparison with another microorganism.</span></p> <p style="text-align: justify;"><span style="font-family:times new roman;"><span style="color:#0000FF;"><strong>CONCLUSION:</strong></span> Using the results obtained in this study, primers designed were sensitivity and specificity for diagnosis and differentiation of <em>Enterococcus faecium</em> and <em>Enterococcus faecalis</em> species in clinical isolates.</span></p> انتروکوک فکالیس, انتروکوک فاسیوم, Real-Time PCR. Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Real Time PCR 26 33 http://jbums.org/browse.php?a_code=A-10-2271-3&slc_lang=fa&sid=1 B Zeyni بهروز زینی zeyni.b.umsha@gmail.com 100319475328460026091 100319475328460026091 No Department of Microbiology, Hamadan University of Medical Sciences, Hamadan, I.R.Iran گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی همدان همدان MR Arabestani محمدرضا عربستانی mohammad.arabestani@gmail.com 100319475328460026092 100319475328460026092 No Department of Microbiology, Hamadan University of Medical Sciences, Hamadan, I.R.Iran گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی همدان R YousefiMashof رسول یوسفی مشعوف yousefimash@yahoo.com 100319475328460026093 100319475328460026093 Yes Department of Microbiology, Hamadan University of Medical Sciences, Hamadan, I.R.Iran گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی همدان H Tahmasebi حامد طهماسبی h.tahmasebi87@yahoo.com 100319475328460026094 100319475328460026094 No Department of Microbiology, Zahedan University of Medical Sciences, Zahedan, I.R.Iran گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی زاهدان